روز ۲۱ مهر ۱۳۲۲ در اردکان در استان یزد متولد شد. پدر او از روحانیون بنام بود و او نیز از نوجوانی به دروس حوزوی روی آورد و طلبه شد. همسر او زهره صادقی خواهر زادهٔ امام موسی صدر است.
خاتمی تحصیلات خود را در رشته کارشناسی فلسفه غرب در دانشگاه اصفهان ادامه داد و عضو هیأت مدیره انجمن اسلامی این دانشگاه بود. در سال ۱۳۴۸ از این دانشگاه فارغ التحصیل شد و تحصیلات خود را تا سطح کارشناسی ارشد در رشته علوم تربیتی دانشگاه تهران ادامه داد. در سال ۱۳۵۰ (۱۹۷۱ میلادی)، او به قم بازگشت و دروس عالی حوزوی را ادامه داد.
در سالهای ۱۳۵۷ تا ۱۳۵۹، با تایید دکتر بهشتی، امامت مرکز اسلامی هامبورگ را بر عهده داشت. سید محمد خاتمی پنجمین رئیس جمهور ایران بود که طی دو دوره بین سال های ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ ریاست جمهوری ایران را بر عهده داشت. او به عنوان رئیس جمهوری اصلاح طلب به ریاست جمهوری انتخاب شد و روز انتخابش (۲ خرداد) به نامی برای جنبش اصلاح طلبی داخلی در ایران بدل شد.
خاتمی مبدع طرحی به نام"گفتگوی تمدن ها" بود که در سراسر جهان شهرت بسیاری یافت و با نام او شناخته میشود. سازمان ملل متحد نیز سال ۲۰۰۱ میلادی را بر اساس این طرح، سال گفتگوی تمدن ها نامگذاری کرد.
در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۷۶،خاتمی به عنوان نماینده اصلاح طلبان داخلی شرکت کرد. رقیب اصلی وی ناطق نوری بود، و نامزدهای دیگر در آن انتخابات رضا زواره ای و محمد محمدی ری شهری بودند. بر خلاف بسیاری از پیشبینی ها خاتمی با اختلاف بیش از ۱۳ میلیون رأی با نفر قبل پیروز شد. بیش از ۸۰ درصد واجدین شرایط (نزدیک به ۳۰ میلیون نفر) در این انتخابات شرکت کردند وخاتمی ۲۰ میلیون رأی آورد.